新型冠状病毒常规检测方法为实时荧光RT-PCR，主要针对新型冠状病毒基因组中开放读码框1ab(open reading frame 1ab, ORF1ab）和核壳蛋白（nucleocapsid protein N）。实验室确认阳性病例需要满足以下两个条件中的一个：
1．同一份标本中新型冠状病毒2个靶标（ORF1ab,N）实时荧光RT-PCR检测结果均为阳性。如果出现单个靶标阳性的检测结果，则需要重新采样，重新检测。如果仍为单靶标阳性，判定为阳性；
2．两种标本实时荧光RT-PCR同时出现单靶标阳性，或同种类型标本两次采样检测中均出现单个靶标阳性的检测结果，可判定为阳性。
核酸检测结果阴性不能排除新型冠状病毒感染，需要排除可能产生假阴性的因素，包括：样本质量差；样本收集的过早或过晚；没有正确的保存、运输和处理标本；技术本身存在的原因（如病毒变异、PCR抑制等）。