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什么部门负责指导畜牧业生产经营者改善畜禽繁育、饲养、运输的条件和环境？

答：根据《畜牧法》第八条的规定，国务院畜牧兽医行政主管部门应当指导畜牧业生产经营者改善畜禽繁育、饲养、运输的条件和环境。
第二章  畜禽遗传资源保护